Поделиться
EMC поможет российским ученым разработать новые способы диагностики рака
Центр исследований и разработок ЕМС, подразделение корпорации EMC, подписал соглашение о сотрудничестве с Академическим университетом Российской академии наук. Со стороны АУ РАН договор подписан ректором университета, академиком, нобелевским лауреатом Жоресом Алферовым. Как сообщили CNews в ЕМС, цель соглашения — объединить усилия по созданию легкой и удобной в использовании облачной платформы, применимой в клинической медицине для анализа геномных данных. Разработка поможет выявлять так называемые «гибридные гены», которые в большинстве случаев являются причинами возникновения злокачественных опухолей. Помимо прочих задач, их обнаружение поможет упростить диагностику онкологических заболеваний.
В основе решения — разрабатываемые специалистами лаборатории алгоритмической биологии АУ РАН программные продукты SPAdes и Quast. SPAdes — это геномный ассемблер, созданный под руководством Павла Певзнера, одного из ведущих мировых ученых, занимающихся проблемами биоинформатики и вычислительной биологии. rnaSPAdes собирает воедино разрозненные данные, полученные после успешных РНК-секвенирований, произведенных на наиболее популярных сегодня платформах Illumina и IonTorrent. Качество транскриптомных сборок, создаваемых rnaSPAdes, должно быть сравнимо с результатами, получаемыми из наиболее продвинутых РНК-сборщиков. Ожидается, что rnaSPAdes будет управляться через командную строку, а значит как сама программа, так и проводимый ею полный процесс обработки будут удобны для практического применения, рассказали в EMC.
В свою очередь, Quast («Кваст») — это программный инструмент, с помощью которого будет производиться оценка качества создаваемых ассемблерами транскриптомных сборок и их сравнение. При этом Quast сможет работать как при наличии референсного генома (уже известного генома, близкого к анализируемому), так и без него. Планируется, что данные оценки можно будет представить в виде наглядных таблиц с характеристиками каждой сборки, а также графически отобразить их сравнение.
Центр исследований и разработок EMC фокусируется на подготовке облачной инфраструктуры для хранения генетических данных и выполнении биоинформатических вычислений для их правильного и качественного анализа.
Соглашение между организациями вступило в силу 1 июля. Со стороны Академического университета проектом руководит Алла Лапидус, заместитель директора лаборатории алгоритмической биологии Академического университета РАН.
«Мы надеемся, что наш совместный проект найдет самое широкое применения, — заявил Камиль Исаев, генеральный директор Центра разработок и исследований EMC в «Сколково». — Многие онкологические заболевания обладают высоким уровнем смертности. Наша платформа поможет предупредить развитие заболевания, определив его наличие на ранних стадиях. Своевременно поставленные диагнозы в будущем спасут множество жизней. Наши партнеры по проекту из лаборатории алгоритмической биологии — ведущие специалисты своей отрасли. Мы рады сотрудничать с ними и, со своей стороны, будем использовать весь багаж накопленного EMC опыта, чтобы вместе добиться успеха».
«В результате мы хотим получить полноценное решение, которое поможет значительно облегчить диагностику онкологических заболеваний, — добавила со своей стороны Алла Лапидус. — Исследование рака на ранней стадии — это рынок с огромной капитализацией. Создание понятного продукта с удобным интерфейсом, который, к тому же, обладает высокой производительностью, позволит использовать эту разработку на коммерческих платформах, где каждый сэкономленный час представляет ценность. Наше сотрудничество с Центром исследований и разработок компании EMC позволяет воплотить эти замыслы в полном объеме».
Короткая ссылка
